南淡路市是兵库县最南部的一座城市，环海，交通相对不是很便利。最近的机场在大阪，铁路近期也已经停运，因此运输方式主要靠公路运输，建议自驾。

过去曾经有淡路铁道可连结南淡町、三原町、绿町并通往洲本市；但此段铁路已于1966年停止营运。

现市内主要交通依靠公路运输，神户淡路鸣门自动车道由北往南通过市区，并设有绿休息区、西淡三原交流道、淡路岛南交流道，可往北接往本州或往南进入四国。除高速道路外，也有国道28号南北向通过辖区。