加拉帕戈斯有两处机场，位于巴尔卓岛的巴尔特拉机场 （Baltra Airport）和圣克里斯托瓦尔岛，共有两家航空公司，分别是TAME和AEROGAL。每天有五趟航班从基多飞往加拉帕格斯群岛，中途会在瓜亚基尔停留一个小时。　每天有超过五个航次的班机从基多或是瓜亚基尔起飞往来加拉帕戈斯群岛。

行李限重：托运行李重量上限为20kg，超重每多一公斤多支付机票票价的百分之十二。 登机随身行李限制为7

kg.Dim 61 × 40 × 25厘米。

登机手续：需要在班机起飞一个半小时前办妥登机手续。并且必须前往INGALA 缴交十块美金的强制税费用。接着前往 SICGAL接受加拉帕戈斯检疫系统的检查。

阿约拉港Puerto Ayora

位于圣克鲁斯岛，有轮渡与巴尔特拉岛相连。周边配套适合齐全，在这里可以买到很多海鲜产品。