奥马尔,托里霍斯机场最大,该机场每天起降飞机100多架次,客运量每年有150多万人次机场到市中心，出从北京有直飞巴拿马的飞机，巴拿马附近国家都可以转机到达巴拿马城。

巴拿马城托库门国际机场（Panama City - Tocumen Airport）：是一个位于巴拿马城24公里（15英里）的国际机场，在2006年，它经历了一次重大的扩建和改造方案，以现代化和改善其设施。它是目前在中美洲唯一有两条跑道使用的机场，也是在巴拿马和中美洲客流最大和最繁忙的机场。

巴拿马有铁路三条,总长度为742公里,其中一条属国营,另外两条由美国经营，附近城市均可到达巴拿马城区。