从中国飞往亚庇，可以从香港（港龙、马航、亚航）、深圳（亚航）、上海（马航）、广州（亚航）出发，除上海外，其他地区的航班几乎每天都有，交通非常方便。另外，从台北也可乘坐马航和亚航的航班飞往亚庇。

亚庇国际机场（BKI，Kota Kinabalu InternationalAirport，既称为 KKIA，也称为 Terminal 1）

是马来西亚第2大国际机场，也是沙巴最大的机场。主要供国际班次航机和马来西亚航空公司班机起降使用。

机场离市区约7公里。从这到市区的方法有：

1. 机场的士：开往市区任何一个角落，单程30马币（约50元）约20分钟车程。需要在机场大厅的柜台预先购票。

2. 机场大巴：开往市区的Wawasan Plaza从08:00至19:00每1小时一班。单程票价成人5马币（约8.2元），小孩3马币（约5元）。

亚庇廉价航空机场 (LCCT 也称为 Terminal 2)

亚州航空 (Air Asia) , 宿务太平洋航空(Cebu Pacific)等廉价航空都在此降落。如果要飞到马来西亚（如吉隆坡）和沙巴（山打根、斗湖、拿笃、古达、纳闽等）其他国内城市，可通过LCCT机场。

离市中心约6公里。从这到市区的方法有：

1. 机场的士：开往市区任何一个角落，单程30马币约15分钟车程。需要在机场大厅的柜台预先购票。

2. 机场大巴：开往市区的wawasan Center从08:20至19:20每1小时一班。单程票价成人5马币，小孩3马币。

Terminal 1和Terminal 2之间距离约5.2公里，有区间巴士。从08:00至19:30每1小时一班。单程票价成人5马币，小孩3马币。

除此之外从亚庇有飞往沙巴其它城市如斗湖 (Tawau)、山打根 (Sandakan)， 古达（Kudat）, 拿笃（LahadDatu）。