从海外来日本时，一般是坐飞机到东京成田机场或大阪关西国际机场进入日本。然后转飞机或火车。从亚洲来长崎时，可以在福冈机场下机然后坐火车或高速巴士进入长崎。中国东方航空每周一三五也有从上海直飞长崎的航班。从机场到市区可以搭巴士，约1小时可达。

飞往长崎机场（仅供参考）

飞往福冈机场（仅供参考）

长崎火车站

从东京出发：乘坐JR新干线从东京车站至博多车站换乘JR线特快至长崎约 7 小时 15 分钟。

从大阪出发：乘坐JR新干线从新大阪车站至博多车站换乘JR线特快至长崎约 4 小时 35 分钟。

从博多出发：乘特急海鸥号约两个半小时可以到达。

从佐贺出发：乘长崎本线特急一个半小时可以到达。

福冈出发到长崎，高速巴士单程2570日元。可以在福冈机场国内线或者天神巴士站乘坐。

长崎港

从韩国汉城市和中国上海市每周分别有2次至长崎的定期船。