沙巴的交通系统不算发达，但和很多国际大都会如吉隆坡、新加坡、台北、高雄、香港、东京、首尔、汶莱、马尼拉和宿务之间有直达班机航线。各个城镇之间有频密方便的陆路交通连系网络。火车在这不是主要交通，海岛之间的交通一般由旅游公司包办。只有亚庇附近的东姑阿都拉曼公园（Tengku Abdul Rahman Marine Park) 的几个岛有快艇服务。
沙巴最大的国际机场，大部分的国际航班和马来西亚航空的航班都在此降落。机场离市区约 7 公里。
地址：alan Lapangan Terbang (Lama)Tanjung Aru88100 Kota KinabaluSabah, 马来西亚
电话：+60 88-219 081
网址：http://www.malaysiaairports.com.my/
从这到市区的方法有：
1、机场的士：开往市区任何一个角落，单程 30 马币约20 分钟车程。需要在机场大厅的柜台预先购票。
2、机场大巴：开往市区的 Wawasan Plaza 从 08:00 至19:00 每 1 小时一班。单程票价成人 5 马币 ，小孩 3 马币。
亚州航空 （Air Asia） , 宿务太平洋航空 （Cebu Pacific ） 等廉价航空都在此降落。离市中心约 6 公里。
地址：Low Cost Carrier Terminal, Lot PT 26 ( HSD 07442 )Jalan KLIA S464000 Klia Selangor, 马来西亚
电话：+60 3-7962 5888
网址：http://tunehotels.com/my/ch
从这到市区的方法有：
1、机场的士：开往市区任何一个角落，单程 30 马币约15 分钟车程。需要在机场大厅的柜台预先购票。
2、机场大巴：开往市区的 wawasan Center 从 08:20至 19:20 每 1 小时一班。单程票价成人 5 马币 ，小孩 3马币。
Terminal 1和Terminal 2之间距离约5.2公里，有区间巴士。 从08:00至19:30每1小时一班。单程票价成人5马币 ，小孩3马币。除此之外从亚庇有飞往沙巴其它城市如斗湖 （Tawau）、山打根 （Sandakan），古达（Kudat），拿笃（Lahad Datu）。
沙巴州铁路系统（Sabah State Railway）
从 2011 年 2 月起从新使用，开始在丹绒亚路（Tanjung Aru) 到丹南 (Tenom) 的线路上使用全新的空调车，除周日有两班车外，每天都有四趟火车来往于丹绒亚路和保佛，途中会经过 Putatan、Kinarut、吧巴 （Papar）、Kawang、Kimanis、Bongawan、Membakut、保佛镇 （Beaufort）、Rayoh 和 Pangi 等市镇。（从保佛可以换车前往丹南）。票价由 0.40 马币-7.50 马币。
网页： http://railway.sabah.gov.my
北婆罗州铁路 （North Borneo Railway）
这是唯一在婆罗洲还有继续被使用的英式蒸汽火车，从 1800 年代就已被使用，堪称历史悠久。翻新后的火车保留着旧时代英国殖民时代的风格，有着怀旧和浪漫的情调。乘客在蒸汽火车上欣赏美丽的农村风景和小镇宛如进入了时光隧道。火车共有 5 个车厢，每一个车厢可以承载 16 名乘客。一般经旅游公司购买套餐。成人约330马币，儿童票价为200马币，含早午餐和酒店接送。
TIPS：蒸汽火车每星期只在星期三和星期六启程。
有固定的渡轮、快艇服务往返山打根和菲律宾南部的 Zamboanga。 斗湖和印尼加里曼丹（Nunukan）之间每天有一班 。而去文莱则必须先从亚庇搭船到纳闽（Labuan）再换船到文莱。
位于亚庇市中心的哲斯顿海港码头 , 有船次往返纳闽岛（Labuan）、东姑阿都拉曼海洋公园（Tunku Abdul Rahman Marine Park)的沙庇岛（Sapi Island）、马奴干岛（Manukan Island）、加雅娜岛（Gayana Island）、马穆迪岛（Mamutik Island）、苏禄岛（Sulug Island）。运营时间为06:00~16:00。最后从岛返回亚庇的船时间为16:00。
1 个岛票价成人 23 马币，儿童 18 马币
2 个岛票价成人 33 马币，儿童 23 马币
3 个岛票价成人 43 马币，儿童 30 马币
4 个岛票价成人 53 马币，儿童 38 马币
买票时需另付 7.2 马币码头费，上岛后需付公园维护费10 马币（若你去2个以上的岛也只需付一次）。
温馨提示：
● 若你计划跳3个或以上的岛，最好09:00前出发，否则时间不足就不能好好欣赏漂亮的岛屿。
● 除了东姑阿都拉曼海洋公园的几个岛屿，沙巴其他著名的岛屿都必须经由旅游公司、潜店、岛上度假村的安排才能到达岛上。游客需要向旅游公司提前预定套餐，然后由旅游公司或度假村帮你安排全程的交通住宿。
亚庇 有 3 个长途巴士站：
1、巴士北站 North Bus Terminal Inanam：开往北部和东部其他城市的大巴从这出发，包括神山（Mount Kinabalu）、山打根（Sandakan）、仙本那（Semporna）、斗湖（Tawau）、拿笃（Lahad Datu ）。
2、巴士南站 City Park Bus Terminal：开往南部的大巴这里出发，包括保佛（Beaufort）、实必丹 （Sipitang）、汶莱和沙捞越。
3、Padang Merdeka：这里有开往保佛（Beaufort）、兰瑙（Ranau）、古达（Kudat）、古打毛律（Kota Belud）、根地咬（Keningau）、吧巴（Papar）、实必丹（Sipitang）和Menumbok 的中巴。一般是12人座和7人座的面包车，满座即出发。
