圣托里尼的交通相对比较发达，特别是旅游旺季的时候，每天都有轮渡和飞机从雅典或者其他欧洲城市抵达圣托里尼。岛上的道路比较狭窄，如果想在最短的时间内游览的话，最好是选择租车自驾，但你必须持有国际驾照。需要注意的是，岛上没有红绿灯，大部分路也没有路名。
国内没有直飞圣托里尼的航班，如果从国内出发，建议坐飞机先到雅典，从雅典到圣托里尼有多家航空公司，飞行时间大致在30分钟左右。如果从其他欧洲城市出发，可以选择Easyjet查询机票前往圣托里尼。夏季旅游旺季会有许多从欧洲主要机场飞往圣岛的航班以及多条连接圣岛和希腊其他热门岛屿的航线。希腊国内航空公司有爱琴海航空和奥林匹亚航空，虽不是廉价航空，但飞机普遍都不大，也会出现航班临时取消和时间变更等问题。爱琴海航空相对便宜，奥林匹亚航空略贵，服务也更好些。时间特别早或晚的航班一般便宜机票单程可以到60欧（含税），其它时间的航班则要100多欧（含税）。在费用方面乘飞机至少要比坐船贵1倍多。
圣托里尼国际机场 Santorini (Thira) National Airport，JTR：圣托里尼国际机场位于Kamari，临近Monolithos，距离费拉大约6公里。机场规模很小，设施不多，通常同一时间内最多只能容纳6架飞机。虽然机场迷你，却是前往爱琴海旅游的必经之地，这里有飞往希腊任何地方的航班，如果航班时间好可以在机场看到圣岛美丽的日出。圣托里尼机场的交通比较便利，可以乘巴士或出租车前往费拉镇，巴士票价2欧元，出租车12-20欧元，在费拉可以换乘到其他镇子的公交，圣岛的很多酒店也提供机场接机服务，价格相较出租更贵，但更加方便。
圣托里尼机场官网：http://www.hcaa.gr/en/our-airports/kratikos-aerolimenas-santorinhs-kasr
爱琴海航空：http://en.aegeanair.com/
奥林匹亚航空：http://www.olympicair.com/
相比飞机而言，轮渡更加经济实惠，夏季旅游旺季时圣托里尼每天都有往返雅典和圣岛以及穿梭在希腊各个岛屿间的轮船。从雅典机场到彼雷埃夫斯港口（Pireaus）可直接乘坐X96大巴，在终点站下车，票价5欧，车程大概1小时。从雅典开往圣岛的船一般分为快船、普通船和慢船三类，快船大约行驶5小时，普通船6小时，慢船12小时，最受欢迎的Blue Star(蓝星公司)船票价格快船大概66欧，普通船37欧，慢船30欧，比乘飞机便宜也浪漫很多。抵达圣岛后轮船停靠在Athinios港口（新港），这里可以乘巴士和出租车前往伊亚、费拉等地。如遇恶劣天气轮船可能延迟或取消，需要密切关注相关信息。
轮渡集合查询网站：http://www.Paleologos.forth-crs.gr/
Blue Star 公司官网：http://www.bluestarferries.com/
搭乘公交是岛上比较普遍的出行方式，岛上各个主要景点包括机场都有公交车抵达，每半小时至一小时一班。票价依路程远近有1.6欧元、1.8欧元、2.2欧元，每半小时至1小时一班，如果是半路上车在车上购票即可。费拉是岛上公交巴士的枢纽站，全天有开往岛上任何地方的公交，旺季每半小时一班，淡季班次减少。此外，也有往返于机场和港口之间的穿梭巴士，需提前预定。
费拉也是圣岛出租车最集中的地方，有专门的出租车停靠站，可打电话 22860 22555/23951预约。价格根据路程而定，一般在十几到二十几欧不等。
提前预定可在机场或码头拿到车，租车一般需要国际驾照，没有的话也可以在一些租赁公司租到车，如发生意外很可能得不到赔偿，且圣岛山路比较曲折，如没有国际驾照不建议自己租车。而且最近岛上也有警察开始查驾照，所以建议没有国际驾照的不要租车。几个在旺季50-100欧不等，邮费另算，一般环岛一天的邮费在10-20欧左右。
骑驴往返圣岛旧港港口和费拉镇口是十分具有当地特色的交通方式。但由于驴道不分上下行且台阶狭窄陡峭，游客坐在上面可能会感到颠簸和不适应，需要特别保护儿童和注意贵重物品，防止意外受伤；此外，驴子在行走过程中拉便便十分正常，味道刺鼻需要做好准备。因此，在选择骑驴时需要仔细考虑清楚。一趟时间大概20分钟。
如果不敢骑驴，缆车也是往返费拉市区和悬崖下旧港港口的不错选择。乘缆车单程一般需要1分多钟，单程成人票价4欧，儿童和行李票2欧，且需要在购买后的30分钟内使用。旅游旺季乘客多，需提前购票。
岛上另外一种比较拉风的交通工具就是摩托车，通常租车的地方就有摩托车出租，比汽车相对便宜一些。有两个轮子和四个轮子的。希腊对摩托车驾照要求比汽车高，租赁摩托车同样需要国际驾照。