从海外来日本时，一般是坐飞机到东京成田机场或大阪关西国际机场进入日本。然后转飞机或火车。从亚洲来长崎时，可以在福冈机场下机然后坐火车或高速巴士进入长崎。中国东方航空每周一三五也有从上海直飞长崎的航班。从机场到市区可以搭巴士，约1小时可达。

飞往长崎机场（仅供参考）

飞往福冈机场（仅供参考）

长崎火车站

从东京出发：乘坐JR新干线从东京车站至博多车站换乘JR线特快至长崎约 7 小时 15 分钟。

从大阪出发：乘坐JR新干线从新大阪车站至博多车站换乘JR线特快至长崎约 4 小时 35 分钟。

从博多出发：乘特急海鸥号约两个半小时可以到达。

从佐贺出发：乘长崎本线特急一个半小时可以到达。

福冈出发到长崎，高速巴士单程2570日元。可以在福冈机场国内线或者天神巴士站乘坐。

长崎港

从韩国汉城市和中国上海市每周分别有2次至长崎的定期船。

长崎市没有地铁，但却有这古老的有轨电车。它贯穿了几乎整个长崎市，相当于我们我们国内的公交车，是出行最方便的交通工具。电车里除了现代化的收钱箱外，几乎保持了所有的原始风貌，每辆车的年龄几乎都在50年以上。

这里有四条线路可以选择，每条线路的电车都表明彩色序号，分别是1路、3路、4路和5路（2路在特殊事件时才启用）。多数站点设有英文路标，无论去往长崎的任何一个角落，都只花费100日元。

建议游客购买1日券、2日券等电车券 ，在规定的时间内可以随意乘坐。在当地各个主要商业区、火车站、汽车站、长崎市观光导游处等处均有出售，电车内不出售电车券。 

较好的景点大都有四通八达的公共汽车而不仅仅只有电车。但是，对于不懂日语的旅行者而言，公共汽车的服务信息远不如电车的简单易懂。

长崎出租车起步价是510日元 超过188m后每公里50日元。