甘南州只有一个夏河机场，没有铁路通过，公路是主要进出甘南州的交通方式。从兰州前往甘南，是大部分游客的选择，兰州汽车南站，营运开往甘肃南部的班车，直达合作、夏河、郎木寺、玛曲、迭部等甘南县镇；部分游客会选择从青海方向进入甘南。合作市作为甘肃藏族自治州的首府，有开往兰州、临夏、定西、武都、阿坝、西宁等地的班车，去往夏河的班次也比兰州汽车南站多。须注意的是，合作市有合作南、合作北两个汽车站，发往夏河的车在合作北站乘坐，发往郎木寺的车在合作南站乘坐。
【合作北站】
合作汽车北站主要发往夏河、临夏和兰州。
【合作南站】
合作南站位于合作市腊子路，车辆发往临潭、卓尼、迭部、郎木寺、玛曲、舟曲、碌曲等地。
夏河县公用型汽车站，也称夏河汽车站。车辆发往兰州、合作、郎木寺、玛曲（路过碌曲）、临夏、西宁、同仁、甘加等地。
甘南的主要公路有南北贯穿自治州连接临夏和四川的国道213，以及东西贯穿自治州连接青海和陇南的省道310、311、312、313。甘南州第一条高速公路——兰州到合作段预计2015年建成，目前兰州到临夏段已经通车。甘南州境内各个景点较为分散，自驾游玩就是个不错的选择，但是需要注意的是，境内加油站较少，且没有97号汽油供应，游客需要提早做好准备。以下以合作市为起点的各景点间行车里程：合作市北至临夏105公里，至兰州260公里，至西宁331公里，至塔尔寺365公里；南至松潘经朗木寺394公里(松潘到黄龙59公里，到九寨114公里)，至阿坝583公里；东北至定西301公里，至陇西321公里；东至武都经迭部480公里。
甘南州各县市交通十分简单，以夏河县为例，县城只有一条主干道，出租车招手即停，直行收费1元，转弯行驶2元。
甘南地区地广人稀，景点比较分散，交通不便，比较建议租车出行，便捷自由，出于资金和安全的考虑，最好结伴，既可分担车费，又可以相互照应。从夏河包车到桑科草原、尕尔湖到郎木寺，费用在400元左右，路程180km。此外，在夏河县红石青旅，以及部分旅馆和客栈都向旅行者提供了种类众多的车辆出租服务，时间从半天到十几天不等。游客可以根据自身需要，联系结伴而行，根据具体行程要价。