面临珠江，背倚扯旗山，座南朝北，大门、二门后面是一座两层砖木结构、三路四进、回廊相通的楼房。原为清朝陆军小学堂校舍军校创办时略加修葺，并在原祠堂式大门前增建欧陆式大门，悬挂陆军军官学校名牌。1930年军校迁往南京，校本部于1938年被日机炸毁，广州沦陷后，日军进驻，续加破坏。此后，岁月沧桑，环境日变。1996年广州市政府长洲文化旅游风景区开发建设领导小组决定复建校本部。6月16日奠基，按国家文物局批复的“原位、原尺度、原面貌”原则重建，面积10600平方米，耗资两千余万元，于同年11月12日落成。校本部内部复原了孙中山、将中正、廖仲恺的办公室以及周恩来的政治部办公室和教授、教练、管理、军需、军医各部的办公室和寝室等。2004年黄埔军校建校80周年，校本部还增设了黄埔军校史迹展、黄埔军校名人油画展、世界著名军校、共产党人与黄埔军校等新展览。