南药园区以园林道路分割，分为南药、民族药、中华药、原料药等小区，并重点突出保存南药植物。在南药区，收集展示了有名的龙血树、槟榔、益智、砂仁，肉桂、锡兰肉桂、胖大海、檀香、印度大风子、马钱子、萝芙木、苏木、儿茶、巴豆、古柯等30多种。中华药区保存有提取兴奋剂药物的巧茶，用于接骨的接骨丹及各种重要的药用植物曼陀罗、芦荟、川牛膝、金佛手、车前草、仙茅、千斤拔等。民族药区展示有西双版纳泰族、哈尼族、基诺族主要民族的药用植物，如大叶火桐树、葫芦茶、锅铲叶、黄姜花等。此外，该园还保存了高含秋水仙碱的嘉兰，可提制降压药物的云南萝芙木，可防治肿瘤的美登木以及马钱等药用植物。为今后攻克各种疑难杂症保存了重要的药用植物资源。