噶居寺寺院东西长50米、南北宽29米，四周砌以3米高的土坯砖墙。大殿平面呈“凸”字形。殿中经堂面阔3间进深3间，主供莲花生大师泥塑像，其两侧为护法神殿，东西两壁绘有金刚持、依怙神、吉祥天母等神像。经堂东侧有护法神殿。大殿上层为噶举颇章及活佛住房。该寺活佛已传承了十一代。并且寺里保存残匾一块，系当年驻藏大臣升泰所立。匾额“大放光明”四个大字尚存，右行横书，字体雄健，刚劲有力。“大”字已残，仅存一半。一头的题款已全锯掉，钉在二楼地板上，只剩“大清光”三字，下残。另一端的落款为“口权大臣升泰敬僧”。残缺之字应为“全”字。