库赛湖为咸水湖，海拔4479米，内流，湖湾的子湖有季节性石盐，是保护区第六大湖，与海丁诺尔、盐湖等共同组成可可西里东北部重要的盐渍化湿地区域。库赛湖常年接受大气降水和地表河水补给，主要常年性河流有发源。于昆仑山南坡五雪峰（5577m）和大雪峰（5863m）的库赛河（库赛郭勒），河流长120m，从湖泊西南角注入库赛湖中。库赛湖湖水丰富，矿化度偏低，但在干旱季节湖湾附近或盐湖岸边有少量石盐沉积。