香港佑宁堂的源头可以追溯到1843年理雅各牧师（Rev. Dr. James Legge）抵达香港开始，理雅各是一名苏格兰人，为伦敦传道会（London Missionary Society）的传教士，1840年获委派到马六甲主持英华书院（Anglo Chinese College），当时中国开放门户，包括香港及其他通商口岸，传道会希望在中国开展传道事工。理雅各于1843年7月6日到港，出任香港英华书院第一届校长。第二次世界大战时教堂遭受到严重破坏，据称教堂建筑物遭拆卸，取用物料用以重建总督府，并加建日式塔楼。新堂于1949年重建完成开放，继于1971年扩建完成。