翁甲寺是利用翁甲神山半山腰的一个溶洞修建而成，周围奇峰耸立，溶洞星罗棋布，石壁上那数百个天然形成的藏文“翁”字，是翁甲寺的由来。神山脚下的汉传寺院玉佛寺更是形成了汉藏佛教交融的奇观，现已成为翁甲寺的一部分。主经堂坐落在溶洞中，高21米，宽29米，深36米，面积为1044平方米，古刹与溶洞浑然天成，这在寺庙建筑中很少见。洞内有钟乳石天然形成形态各异的飞禽走兽、佛像、桌、凳，洞中鸽燕窝密布，洞底有一小溪，清澈透明。寺庙周围树木茂密，鲜花竞开，每逢春季，桃花盛开，杜鹃怒放，苍松翠柏争相辉映，各种飞禽走兽给这片土地带来了勃勃生机。