三皇宫由正殿、神殿、左右厢房、里院、戏台、套间、客厅、膳房、寝室等部分组成，形似四合院布局，轴线对称，主从有序。门呈八字形门楼，青砖平砌，中嵌青石、豆绿石，浮雕人物、走兽、翔禽、花卉、楼阁于石上。门楼上端竖镶“三皇宫”石匾，横镶“如游上世”石匾，门联为“历劫真师朝圣阙，终天草木载皇仁” 。入宫门通道顶部为木构戏台，高2米，台面60平方米。台顶为藻井雕菱角形木作螺旋排列，正中镂雕隆起云龙，天花板以条木组成几何形纹饰，朱漆为地，图案贴金，色彩鲜明，造型美观。戏台面对正殿，中间为石砌方形场地，左右设长方形神殿，供奉文昌帝君、关圣大帝。正殿为歇山顶，通柱整齐排列，构架举拆较高，彻上明造，殿正梁载：“皇清光绪十三年丁亥洪岁孟夏四月吉立樟树药材行铺公建”。正殿供奉伏羲、神农、黄帝及扁鹊、华佗、张仲景、王叔和、王惟一、李时珍、叶天士、皇甫谧、葛玄、孙思邈等历代药王、医药学家塑像。