公交

高雄方面：搭乘国光客运，中南客运，高雄客运，屏东客运

乘车处：旧高雄火车站高市愿景馆对面

搭乘「高雄←→恒春，垦丁」班车（路线：高雄→小港→林园→东港）到【东港站】下车，车程约60至90分钟，抵达东港后再至【东港码头】（步行约10分钟)

屏东方面：

乘车处：屏东火车站旁屏东客运总站

搭乘「屏东←→东港」班车（路线：屏东→公馆→新园→乌龙→东港）到【东港站】下车，车程约45至60分钟，抵达东港后再至【东港码头】（步行约10分钟）

出租

屏东计程车的起跳价为1.5公里100元新台币，续跳运价每250公尺5元新台币、计时运价时速5公里以下，每3分钟5元新台币，夜间计费加二成。春节加成改为全天按表加收50元，并取消电话叫车费用。

自驾

北部及中南部游客，可经由国道一号高速公路南下，由小港机场出口沿省道十七号公路，往东港行驶即可抵达东港码头，再搭交通船到小琉球自行开车前往者，机车及自行车可随人运至小琉球，汽车则须停靠于东港。