南寮村位于绿岛的西部，以山地地形为主，西边狭小的滨海地带是绿岛人口稠密的聚落。南寮村范围北起鼻头角延阿眉山陵线与中寮村、公馆村为邻，全村最高点火烧山为绿岛最高山，标高280米，次高山阿眉山276米[2]。村内有流域面积狭小的短促野溪数条，除少数主流在雨季有水流，其余多为常年干涸之溪谷。