松本城的前身是深志城。室町时代初期，足利尊氏的家臣小笠原贞宗任信浓守护时，建筑了此城。天文17年（1548年）甲斐的武田信玄击败林城的小笠原长时，将此地作为从东信浓挺进北信浓的据点。深志城的规模渐渐扩大，这段时期木曾义昌、小笠原贞种、小笠原贞庆、小笠原秀政分别担任过深志城的城主。武田氏没落后，继承父祖之地的小笠原贞庆，将深志城改名为松本城。天正18年（1590年）丰臣秀吉灭亡了小田原的北条氏，进入关东，将此城转封石川数正。其后丰臣领有8万石俸禄的数正，开始着手建筑五层六阶的天守。直到数正之子康长时代终于完工（就是现存松元城的原型）。天守所采用的月见、辰巳橹是江户初期増筑。其后，经历了小笠原氏、户田松平氏、堀田氏、水野氏。松本城为典型的平城。本丸、二之丸、三之丸城郭大致上呈方形。天守设置在本丸西南部，并以缺少北部的凹型二之丸加以包围，外面再以四方形的三之丸整个围住。