长青保护区大地构造位置处于南秦岭海西——印支褶皱的中部，由一系列东西向褶皱与平行展布的断裂构成的复式褶皱带，后被印支期二长花岗岩侵位、吞蚀、破坏，现存的构造格局多呈一些残缺不全、规模不等的褶皱、断裂构造。主要岩石有花岗岩、花岗片麻岩等多种，使地质上称为“华阳岩基”的主体部分。