圣保罗堂立于马六甲圣保罗山顶，是一座没有屋顶的教堂遗迹，历史可追溯至1521年。起初是葡萄牙人为感念海上风暴中脱险而建的小教堂，后由耶稣会扩建成如今所见的堂体。传教士圣方济各·沙勿略曾以这里为基地，往来中国与日本传教；1553年他的遗体运抵马六甲后曾在此暂时安葬，堂内至今留有一处空墓，相传便是当年停灵之处。荷兰人1641年接管马六甲后，堂内一度辟为墓地，沿墙排列的一块块葡文、荷文古墓碑多出自这段时期。教堂前矗立着一尊白色大理石圣方济各·沙勿略雕像，雕像右臂断裂，1952年落成揭幕次日恰有树木倒下砸断其右臂，而历史上的沙勿略右臂也确实曾被作为圣物送往罗马，这一巧合常被到访者提及。教堂所处位置视野开阔，可俯瞰马六甲市区及马六甲海峡的景色。