长崎企鹅水族馆面向橘湾，在深达4m的水槽中饲养的大约180只企鹅包括了目前世界上生息着的18种企鹅中的9种，周六日和节假日可以体验给企鹅喂食、直接和企鹅接触等。馆里还设有弹涂鱼、鲎鱼等长崎鱼展区，世界上大级别的淡水鱼湄公河大鲶的展示，以及昔日山村景象的自然体验区等。自然体验区域可以在河川、池塘、丛林等大自然中接触到鱼和昆虫。在自然海岸防波堤和人工海滨“海滨区域”，可以体验皮划艇。正如馆名所示，长崎企鹅水族馆是专门展示企鹅的水族馆。虽然场馆规模比较小，但各个展点都根据企鹅的个性加以设计，很值得一看。进入馆里的时候马上可以看到一个巨大的水槽，各种企鹅在里面自在地游泳，简直百看不厌。