新药师寺位于鹿园的南边，建于747年，是当年的光明皇后为祈祷她的丈夫圣武天皇的眼病早日康复而下令兴建的。后来据说寺院因为遭受雷击而发生大火，烧毁了寺内大部分的建筑物，仅剩下如今是日本国宝级文物的正殿。如今寺内依然矗立着一座高约2米的“药师如来”的坐像，这雕像由一整根树木雕刻而成，除了眼睛、 眼睫毛和嘴唇着色外，其他各部份都是原木，不加任何染色。此外还有 “十二神将”立像环绕在其周围。新药师寺曾与东大寺齐名，也是现在仅存的八世纪重要寺庙。