国内考古博物馆散布在多个地区，由两个博物馆结合而成，分别是成立于1862年的考古博物馆和成立于1808年的布雷拉货币博物馆。考古博物馆主馆始建于圣毛里佐奥教堂的女修道院，展览主题包括希腊、伊特拉斯、罗马和健驮罗的考古发现。藏品根据不同的文化起源陈列在不同的展厅。一层经过一个回廊后是古代米兰区，下楼后到生活在中世纪的米兰区、凯撒利亚以及犍陀罗区。走到下一个回廊沿着通道前往多边形塔式建筑，可以看到一系列中世纪的壁画，顺着塔可回到一层的早期中世纪区。三层和四层为希腊区，展示希腊社会和日常生活。