据传，东药王庙因其建筑精巧，庙宇雅静，又称其为小药王庙。除每月朔望开庙外，传农历四月二十八日为药王诞辰，照例在药王庙举行“药王会”。庙会期间，香客游人络绎不绝，香火非常旺盛，可谓盛极一时。庙内外均有小商贩，人们除了烧香祈福，还可以购买日常用品，品尝各种风味小吃。 “最大特点就是在非庙会日免费给平民发放妇科专用的药品，庙里庙外的小商小贩卖的大多也是妇女日常用品。据说这是太监冯保为了宣扬孝定皇太后的慈善之心而设计的。” 民国之后，药王庙逐渐冷落，到20世纪40年代时（解放前夕），庙内只有一个住庙的道士白贤珍。 1985年，山门及各殿尚存，万历碑已无下落，该庙刻有“敕建福世普济药王庙”等铭文的大钟已移至大钟寺古钟博物馆陈列。 在东直门内危房改造中，此庙大部分建筑被拆毁，只剩一座山门，后也因雨水浸泡和地基不稳而倾屺倒塌。而庙内中殿以后都辟为民居，中殿以前的房屋后来开成饭馆，变成餐饮街的经营场所。 2001年仅余山门和寝殿，庙门已重修。2002年拆除了寝殿，10月30日凌晨在原址施工时于地下3米处发现并出土了一通残碑。碑身已断裂，裂口为旧痕，断面有榫臼2个，说明原碑曾修复过。现碑身长2.4米，宽1.07米，厚0.5米，螭首，额篆“敕建东药王庙碑铭”清晰可见。碑文数百字，皆小楷，记载了明万历年间修建东药王庙的史实，落款为“大明万历岁在丁巳孟秋吉日立”。经有关部门鉴定，确为失踪的原万历石碑，后将残碑竖立于山门旁。现山门为按原样复建，砖石结构，石券门、匾额为明代原物。如今，东药王庙遗址仅存复建山门、残碑一通及二级古槐一棵。