小樽市综合博物馆分为主馆和运河馆，主馆展示着北海道的历史、科学、交通等内容，特别是铁路方面的展示相当充实；运河馆则以小樽的历史文物及动物标本为主。主馆主馆位于小樽港的北面，在此可以观赏到曾活跃于明治时代的蒸汽火车SL静号、全景立体模型等，还有天象馆、科学展示室等。室外展示也很多，古老的铁路车辆、砖造的机车等，还可以体验乘坐1909年制造的机车Iron Horse号。运河馆作为分馆的运河馆位于小樽运河旁，是利用1893年建造的旧小樽仓库的一部分改造而成，展示了小樽市的历史和自然。馆内有2个展示室，一个以实物大小再现了小樽繁华时期——明治时代末到大正时代的街景，可以亲身感受当时的繁华；另一个摆放的是小樽的生物标本，以及出土的从绳文时代后期（即3500多年前）的大量陶土制品，大小不一，各式各样。