贡巴寺创建于清光绪十四年（1888年），当年农历四月十七日，为当朝皇帝和皇太后祝寿，举办了大规模法事，光绪皇帝为该寺颁赐了“当今皇帝万岁万万岁”的长生牌位和“皇太后万岁万万岁”的长生牌位，以及寺院的匾额，金字、旌表和金银五千两，大寺的诰封金册等，成为卓尼境内规模仅次于禅定寺的大寺院。贡巴寺有九个大殿，释迦牟尼殿内的壁画很有艺术价值，值得一看；班禅殿外墙面是一千尊释迦牟尼雕像，堪称壮观。寺院较北端的佛塔比拉卜楞寺的贡唐宝塔还要大，长廊下的转经筒多达1000多个，在卓尼境内很少见。