在丰臣秀吉统治的时代，由于对异教的压迫，6位西班牙籍的基督教传教士和20位日本信徒在此被处决。后人在发生了这段宗教迫害的小山坡上立起了纪念碑。本来不起眼的山坡成为了国际著名的朝拜胜地，参观者络绎不绝。 昭和37年（1962年）是历史上26位圣徒在西坂山丘殉教的百年祭，为此建立了日本二十六位圣人的纪念浮雕，与之相邻，还同时建造了圣人菲利普西坂教堂。该纪念馆肃然屹立在二十六位圣人真人尺寸的青铜像后面，分成“源自天主教时代的传家宝”和“再现其历史的现代创造品”这两个主题，介绍了从圣人弗郎西斯克·萨比埃尔东渡日本到明治时代为止的基督教历史。还展示有天正少年使节——中浦朱利安神父的信件、圣人弗郎西斯克·萨比埃尔给葡萄牙国王约翰3世的信件、岛原之乱的历史记录、玛利亚观音、16世纪的青铜圣母怜子图等资料、以及壁画、日本画等。