人类最早在圣托里尼定居是在新时期，约公元前19世纪亚克罗提利发展成为主要港口之一。后来，腓尼基人和多利安人分别统治了圣托里尼，多立安殖民者建立了城市锡拉，并在此一直居住到拜占庭时期。1929年圣托里尼规划归希腊管辖。20世纪圣托里尼又发生了三次火山喷发，最近的一次发生在1950年，1956年又发生了一次破坏性的地震，之后人们才陆续回到岛上重建家园。
古时候的圣托里尼岛因其类似圆月的形状而称为圆岛。公元前1500年爆发了几千年以来最严重的火山喷发并引发了巨大的海啸，将圣岛一分为三并导致岛屿中心大面积塌陷沉入大海，古时圆形的岛屿变为今天的月牙状。而残留部分形成了今天大约300米高的悬崖，悬崖的高度也给予了小岛绝佳的观赏海上日落美景的机会，岛上的居民沿悬崖峭壁建起了悬空的洞穴屋，居高远眺，美不胜收。火山也塑造了圣岛独特的景观特征，给予了小岛红、黑、白多彩的沙滩。
“圣托里尼” （Santorini）是1207年威尼斯人为纪念圣·爱莲（Saint Irene）而命名的，此前该岛称为锡拉岛、卡利斯提（Kallisti）或斯特隆基里（Strongili）。古时的锡拉是在公元前9世纪由多立安人建立的。据传说，他们在首领锡拉斯的带领下一直在此居住直到拜占庭时期。此后，圣托里尼先后被罗马人、拜占庭人、法兰克人和奥斯曼人控制。1912年圣托里尼岛正式划归希腊管辖，主要居民包括阿克罗蒂里、费拉（Φηρ）、奥伊亚（Οα）、安坡里奥（Εμπορεο）、卡马里（Καμρι）、伊莫洛维里（Ημεροβγλι）、皮尔戈斯（Πργο）和锡拉希亚（Θηρασα）。
圣托里尼绝美的自然风光给予了文化创作者无尽的发挥空间和灵感。圣托里尼以蓝白著称于世，代表希腊的蓝顶教堂为小岛平添了一份神圣和安详，以史前博物馆为代表的众多博物馆收藏了珍贵的史前文明、保存了记录小岛重要历史事件的老照片和古文物，而从古费拉等文化遗址中也能依稀看到古人过往的生活痕迹。这里拥有世界上最美的日落，最壮阔的海景。
在这里，蓝与白交相辉映的纯净组合是艺术家的灵感之源，诗人画家的创作之由，摄影师的拍摄天堂，亦是大哲学家柏拉图笔下的自由胜地，圣托里尼满足了所有文人墨客、艺术名流对艺术创作的需求。两位诺贝尔文学奖得主，诗人Giorgios Seferis和Odysseus Elytis都曾为圣托里尼写下美丽的诗篇。圣托里尼还吸引了很多电影的拍摄。
如今的圣托里尼还吸引了来自世界各地优秀的艺术家，音乐家，画家，酿酒师等热爱艺术的人，所以在这里可以窝在陶艺师工坊里学做希腊陶瓷，可以在画廊听画家讲述创作的灵感，当然还可以学做圣托里尼的传统菜肴，可以浏览葡萄庄园了解葡萄栽培，品尝美味的葡萄酒。
作为圣岛最具文化气息的小镇伊亚，蓝顶教堂与彩色小屋交织，精美的白色房屋配上传统的希腊风车在落日余晖的映衬下透着几分静谧与深邃。伊亚独特的石洞屋有白色门墙屋顶﹑蓝彩窗棂，再配上几盆红花，颇具基克拉泽斯群岛的建筑风格。小镇商店里出售的每一件手工工艺品﹑艺廊里展出的每一幅作品都体现了设计者别具一格的品味，伊亚也因此堪称“艺术家的村落”。而号称全岛最热闹小镇的费拉也是包括《古墓丽影2》在内多部热门影视剧的拍摄场地，足见艺术爱好者们对这座美丽小岛的宠爱。