圣胡安属于热带海洋性气候，降雨与日照高，雨季在7月至12月。根据1981至2010年在路易斯·穆尼奥斯·马林国际机场的数据，日最低气温低于或等于20 °C（68 °F）的平均日数为9.4天；日最高气温超过30 °C（86 °F）的日数年均有237天，35 °C（95 °F）以上的有1.8天。最冷月（1月）均温25.3 °C（77.6 °F），极端最低气温16 °C（60 °F）。最热月（8月）均温28.7 °C（83.7 °F），极端最高气温37 °C（98 °F）。年均降水量约1,430毫米（56.35英寸），年极端最少降雨量为902毫米（35.53英寸），最多为2,270毫米（89.50英寸）。
四季皆宜。气温全年、日较差都小，夏秋两季雨比较集中。