由于这里是腾格里沙漠的南缘，风沙大，加上在晚清时期社会动乱，寺院荒废，石窟逐渐被流沙埋没。
到了20世纪40年代末，仅存一个俗称“九间无梁洞”的石窟和洞前的寺院了。

宁舟宝塔的建筑凤格比较特殊。塔基实心，低于地面二．67米。
塔寺原有一口大钟，形态尺寸与石空石窟的一口大钟一个模样，相传同出一炉，钟声巨应。