熊本机场位于熊本市东北方约20km的阿苏山之山麓。空港客运大楼位于熊本县上益城郡益城町、而跑道则位于菊池郡菊阳町和大津町。机场的2层，集中了13家熊本纪念品的杂货铺，有熊本特色甜品，阿苏特色乳制品，烧酒，精美熊本熊周边礼品等等，方便没有时间在熊本市内采购的游客选购纪念品。