公主坟站换乘则进行了优化，车站设计特意采取了双十字交叉格局，基本属于垂直换乘，这样能够缩短换乘距离。由于在公主坟方圆两平方公里的工地范围内，分布着上百株古树，其中很多树龄已经超过百年。为了符合紧凑的地面条件，这些换乘厅均为不规则的多边形，而不是常见的四方形结构。