九棚大沙漠位于九棚溪出海口处。因为九棚溪长年累月挟带着大量的河沙往下游冲，且堆积在出海口附近海域；又因为受到波浪、海流作用而被来回搬运的河沙，暂时被堆置在河口的两侧。当退潮时，这些河沙又再次被强风带着去旅行。强风将沙吹上了岸，堆积于高地上，久而久之此处便形成近似沙漠景观的沙丘地形。 九棚大沙漠与位于九棚溪北方的港仔大沙漠相连，面积广达两百多公顷，是台湾少见的沙漠（丘）地形景观，据闻是台湾最壮观的沙漠奇景。天气佳时，许多游客喜欢躺在沙丘上仰望月亮跳出海面的美景，傍晚时分，于沙丘上漫步也别有一番诗意。