巴嘎寺始建于第世达赖喇嘛阿旺·罗桑嘉措（1617～1682）时期，属格鲁派。寺内原来允许喇嘛结婚，1955年以后禁止寺内喇嘛结婚。原来寺内供有大小菩萨、佛像一千多尊，有经堂、佛殿3座，僧侣四十多人。“文化大革命”时寺庙被毁，僧人还俗。党的十一届碱中全会以后由工布江达县拨款款重建，1984年拉萨市教局给寺庙赠送佛像三十多尊现喇嘛4人。