黄岗山位于县境正南端，海拔2157.7米，是江西省武夷山自然保护区的主体部分，也是武夷山主峰和东南大陆最高峰。动植物资源丰富，被誉为"世界生物之窗"。黄岗山属新华大厦系隆起区，主要有花岗岩、片麻岩构成。海拔1900米以上由于受到山地冰川侵蚀，地形平缓，山顶平圆，坡面宽阔；海拔1000－1500米左右的周缘地区，山势陡峻，山谷幽深。气候上属华中亚热带湿润区，又具有明显山地气候特点，是江西省日照时间最少，降雨量最多，湿度最大的地区。山顶为亚高草甸，遍布野生黄花菜、千里光等。