长崎孔子庙建于明治26年（1893年），由清政府与在日华侨共同出资建造，是日本唯一的一座正宗中式孔子庙。其建筑规模可与山东省曲阜市的本庙比肩。主殿均是黄琉璃瓦屋顶和汉白玉栏杆，富丽堂皇。大成殿内供奉有孔子塑像和4圣牌位，两侧有孔子弟子七十二贤人的大型石雕像，每座高1.8米左右，重2吨，完全是根据李公鳞的画谱塑造的。大殿里的全套祭器都是按照曲阜孔庙的复制的。以彰显传统美学的仪门和大成殿为代表庙宇中随处可见中国的历史、文化与传统艺术的精粹。大成殿深处的中国历史博物馆建于1983年，设立的目的是为了促进中日相互理解和文化交流，这里常设展示着中国国内博物馆提供的重要文物。