长岛航海博物馆于庙中各殿两廊均开设了中国造船史、海运史、航海技术史、海上兵事史和郑和纪念馆、妈祖史记馆等专题展室，馆藏各类文物、典籍、航模及图片等1000余件。从古代的鲸舟形陶器、汉代的陶船、隋代的双体船到现代的舰船，真实地记录了我们祖先航海的悠久历史。

天后宫又称妈祖庙，俗称娘娘庙，该庙建于宋宣和四年（公元1122年），既为北方少有，更是中国最早的两座妈祖庙之一。 妈祖庙是因闽浙船民于院中专设奉祈妈祖的道场，后经元、明、清历朝重建、修葺，逐渐形成了现今之规模。天后神像居中为暖阁内龙墩上，暖阁里4尊侍女，暖阁外4尊妃女。殿两侧有14尊站班，这些塑像多是宋、元时代的作品，其中4尊武将是千里眼、顺风耳、黄蜂元帅、白马将军；8尊文官为九江、八河、五湖、四海龙王及老少两尊站班。另外，殿内还有碑、碣、匾200余块和历代船只模型300余件。 目前中国第一家有关航海的综合博物馆，长岛航海博物馆就设在庙岛显应宫内，共有八个展室，开设了中国航海史、中国航海技术史、航海起源、郑和纪念馆、天妃史迹等五个专题陈列室和一个预展厅，收藏并展出了有关航海方面的文物、典籍、模型、图片1000余件，其中最令人瞩目的是郑和宝船船模，其做工精巧、雕镂逼真。郑和宝船船模在世界上仅有两只。